BIO Informatician

17ff93 Bio Informatician

Rijksinstituut voor de Volksgezondheid en Milieu (RIVM) Bio Informatician

Bio Informatician

Info

Functie

Bio Informatician

Locatie

Uren per week

36 uren per week

12:00

Reageren op deze opdracht? Dit doe je op Striive.

Rolomschrijving en taakafspraken

Opdrachtomschrijving

Achtergrond opdracht

In 2026 lopen een aantal projecten ter vervanging van bestaande dataverwerkingstools en in de verbetering van ons standaard surveillance data platform. in dit jaar is de bedoeling dat in korte tijd een aantal onderdelen worden gerealiseerd zodat daarna geleidelijk verder aan de implementatie kan worden gewerkt. het grotere doel is het verder standaardiseren van datastromen die binnen de publieke gezondheidszorg door het RIVM worden gebouwd, zowel voor de eigen taken als om informatie te delen met de partners in de publieke gezondheidszorg. De data engineer met name werken binnen het team dat in 2026 deze veranderingen gaat realiseren. Onderdeel is kennisoverdracht, zodat aan het eind van de opdrachttijd alle relevante kennis is overgedragen.

Eisen

• Algemeen:

  1. Het ontwerpen en implementeren van bioinformatica-oplossingen voor pathogeenanalyse (virussen, bacteriën, etc.).

  2. Het onderhouden, uitbreiden en standaardiseren van gespecialiseerde bioinformatica-pipelines (geschreven in Python & Snakemake)

  3. Ontwikkelen van geautomatiseerde rapportage data workflows ter behoeve van klinische respons op basis van analyseresultaten.

• Specifiek:

  1. Kwaliteitsborging en accreditatie van oplossingen die moeten voldoen aan standaarden en principes zoals ISO15189, FAIR data, en open-science.

  2. Het schrijven van uitgebreide documentatie toegankelijk voor zowel technici als non-technici ten behoeve van kennisoverdracht.

  3. Het afstemmen van workflow-, tooling-, of rapportage-vereisten met inhoudelijk experts en geautomatiseerde processen hierop afstemmen.

• Vereisten Profiel:

  1. Afgeronde HBO+ opleiding in bioinformatica, moleculaire biologie, (medische) microbiologie of computationele biologie.

  2. Aantoonbare en gedocumenteerde vaardigheid in Python

  3. Kennis van microbiologie, moleculaire biologie en pathogeenanalyse.

  4. Professionele beheersing van het Engels én minimaal niveau B1 Nederlands.

• Overige kennisvereisten:

  1. Aantoonbare kennis en/of ervaring in bioinformatica met betrekking tot de analyse van Bacteriën, Virussen, Schimmels OF Parasieten.

  2. Aantoonbare ervaring met bioinformatica-specifieke workflow management systemen zoals Snakemake

  3. Ervaring met Git versiebeheer en package management (Conda/Mamba/Pypi, Apptainer/Singularity) is essentieel

Wensen

• Aanvullende kennis:

  1. Aantoonbare ervaring in code-documentatie ten behoeve van efficiente kennisoverdracht

  2. Ervaring met SQL en data modelling

  3. Ervaring met machine learning methodologieën en statistische analyse.